Parceria com a Universidade de Mogi das Cruzes (UMC): como uma de suas principais áreas de atuação e, como forma de incentivar a pesquisa científica, a FAEP mantém o Programa de Concessão de Bolsas a pesquisadores, professores e estagiários da UMC, proporcionando a realização de projetos de pesquisa que trazem, à sociedade, benefícios e contribuições nas áreas da medicina, meio ambiente, genética e química.

A constituição de parcerias com a Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP, o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq, a Financiadora de Estudos e Projetos - FINEP, a Companhia Energética de São Paulo - CESP, o Departamento de Águas e Energia Elétrica - DAEE, entre outras, é fundamental para a integração de profissionais e a construção de uma forte e sólida experiência de pesquisa, praticamente inédita na área da pesquisa cientifica realizada por uma Instituição de Ensino Superior privada. Os projetos de pesquisa são desenvolvidos, em sua maioria, nos Laboratórios que compõem os diferentes Núcleos de Pesquisa da UMC.

Além de todos os projetos apoiados por agências de fomento, a FAEP participa, também do Programa de Suporte à Pós-graduação de Instituições Particulares (PROSUP), instituído pela CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Esse programa tem como objeto destinar recursos para atender ao pagamento de taxas escolares dos estudantes de Mestrado e de Doutorado da UMC, bolsistas apoiados por esse órgão.